索科內斯彗星異常接近引發的大災難給地球帶來了自然災害，摧毀了所有文明。開始重建的人們被迫在各自的地區創建城市（城鎮）並居住在每個城鎮中。趁著混亂，以神秘毒魔帝為首的秘密社團狂醫軍團開始入侵各個城鎮。大吾加入了保護美國西部維克多鎮的機械作戰部隊第十八團，並利用他父親的戈爾迪安來對抗瘋狂醫生的軍隊。 戈爾迪安的秘密、維克多鎮的秘密、大吾自己的秘密以及「太陽的水印」是什麽？又該如何逃離更大的劫難呢？大悟和他的朋友們為了神秘能量「Ixtron」展開了激烈的戰鬥。
